物理學系大學部成立於民國86年，民國90年成立應用物理碩士班，博士班於民國92年成立，現任專任教師共18人，技術師1人及行政助理2人。為因應高科技產業對奈米光電與物理人才的需求，並維持物理系競爭力，大學部招生方式分成「奈米與光電科學組」20名及「物理組」40名之兩組，課程採學程化設計，除物理基礎必修學程外，專業選修學程分為奈米與光電物理學程、理論與計算物理學程及生物與材料物理學程三大學程。
本系應用物理研究所(碩士、博士班)教育宗旨在於培育具獨立研究能力之專才，尤其重視專業整合，配合科技發展趨勢設計主題課群，以生物物理、計算物理、奈米光電物理與凝態物理為核心領域，提供整合專業知能的訓練，滿足研究所畢業生未來在學術進修或各領域就業時的專業背景需求。
另外，本系除不定期舉辦大型國際研討會外，各教師在其研究相關領域上已與東西部重點學術單位建立實質合作關係，包括與慈濟大學、中央研究院物理所高能組及、基因體中心、複雜系統組及原分所等研究的研究合作，此合作內容亦包含執行持續進行中的許多跨領域研究計畫。