國立東華大學物理系不斷地檢視籌畫「課程學程化」的課程改制，於96 學年度起實行「課程學程化」，為因應未來畢業生職場需求之改變，物理系將於98學年度起，分為兩個組別招生，分別為「物理組」與「奈米與光電科學組」，以提升未來畢業生的就業能力與機會，因此，課程學程化的規劃方式，將針對兩組學生量身制定，強化精要該學科領域之核心學識，使得畢業學分仍維持至少128 學分的規定下，還能囊括20 多個彈性學分(相當於一個學程)，學生便可依個別興趣或結合生涯規劃自由運用，也增加了修輔系、雙主修的空間。 以下簡介此特色學程規劃內容：

課程學程化課程規劃：

• 基礎科學學程(22 學分)，必修
  • 普通物理與實驗、普通化學與實驗、微積分、生物學與實驗。

• 物理核心(一)學程(22 學分)，必修
  • 電磁學、應用數學、基礎物理實驗、近代物理、矩陣與向量分析。

• 物理核心(二)學程(23 學分)，必修
  • 基礎物理實驗、量子物理、熱物理學、力學、應用電子學、生物學、書報討論、專題研究(一)或專題研究(二)。

• 奈米與光電物理學程(21 學分)，選修
  • 固態物理、電子結構理論、電磁學、近代物理、統計物理、奈米科技概論、固態物理導論、半導體物理、近代光學、電磁波、力學、奈米生物科技與物理、物理冶金、奈米材料科學與工程、材料基礎物理、材料分析、奈米光觸媒、奈米材料之性質與應用、電子學、電路學、光電元件、光電工程導論、學士論文、專題研究。

• 理論與計算物理學程(21 學分)，選修
  • 統計力學、計算物理、電子結構理論、近代物理、應用數學、物理數學、狹義相對論、電磁波、力學、固態物理導論、統計物理、計算機概論、程式設計、演算法、作業系統、資料結構、程式語言、線性代數、數值方法、離散數學、統計學、微分方程、高等微積分、學士論文、專題研究。

• 生物與材料物理學程(21 學分)，選修
  • 生物物理、固態物理、電子結構理論、生物質譜學、近代物理、電磁學、近代光學、電磁波、力學、固態物理導論、統計物理、奈米生物科技與物理、生物學、細胞生物學、分子生物學、有機化學、生物化學、物理化學、無機化學、材料科學與工程導論、材料動力學概論、材料力學、學士論文、專題研究。

　　如前所言，本系特色學程的設計，旨在提供學生發掘自我興趣與能力的機會，進而培養其專業素養與能力，以期畢業以後能馬上投入就業市場或者繼續深造。 例如光電、材料物理學程的訓練，可使學生具備從事半導體、光電產業、以及材料研發的基本技能與科學基礎；生物物理學程則是因應臺灣未來重點發展生物科技產業的政策，加強生物物理技術人材的培育；計算物理學程則訓練學生畢業後，投身資訊產業就業市場的競爭力；傳統物理學的課程，則提供學生畢業後繼續從事物理、化學等基礎科學研究所的基礎；各學程之設計，亦提供了學生將來就讀電機、資訊、材料、生物技術等研究所所需之先修課程。另外一方面，學生若通過本校甄試程序，亦可修習東華大學教育學程，取得中等學校基礎科學教師資格。